在幕末的戊辰戰爭中，曾在江戶時代擁有著廣闊的寺廟領地的東叡山寬永寺也成爲過戰場，彰義隊和新政府軍在寺廟境內展開過激戰，使得很多伽藍被燒毀。另外在大政奉還之後成立的明治政府又沒收了其很多的寺院領土，但是從1879年(明治12)開始允許複興寬永寺，于是從川越的喜多院將本地堂移建過來，又增加了山內本地堂的建築用料，令寺院的中心主殿得以重建。現在，在占地約9萬9千多平方米的土地上除了有主殿的主寺外，還有幸免于火災的清水觀音堂、輪王寺門遺迹禦本坊表門、德川將軍靈廟敕額門等，都被指定爲重要文物。可以說清水觀音堂是至今保留下來的爲數不多的具有江戶時代風貌的正殿。(下段繼續)

　江戶幕府第十五代將軍德川慶喜在大政奉還之後的鳥羽伏見戰役中被打敗，于是返回到江戶。東征軍(新政府軍)和朝臣上下，對如何處分德川家進行過爭議，慶喜在一橋家時代的側近們爲了懇請朝廷饒了慶喜的性命，在1868年(慶應4)2月結成了同盟軍，後被稱爲彰義隊，固守在上野山(東叡山寬永寺)。1868年(慶應4)5月15日清晨，大村益次郎指揮著東征軍對上野進行了全面總攻。
　彰義隊員的遺體被三之輪圓通寺(現東京都荒川區南千住)的住持佛磨等人在當地進行了火葬。現在在上野公園內彰義隊的墓地正面立著的小墓石碑，是被寬永寺的附屬寺院寒松院和護國院的住持在1869年(明治2)時秘密埋藏在附近的地下，後被發掘出來的。大墓石碑是在1881年(明治14)由原彰義隊員小川興鄉(椙太)等人建立的。對于明治政府來說彰義隊屬于賊軍，出于對政府方面的顧及，沒有直接寫上彰義隊的字樣，而是將幕府舊臣山岡鐵舟執筆寫就的《戰死之墓》四個大字赫然雕刻在石碑上。1990年(平成2)台東區將其作爲有形文化遺産登載在區民文化遺産登記冊上。