在幕末的戊辰战争中，曾在江户时代拥有着广阔的寺庙领地的东叡山宽永寺也成为过战场，彰义队和新政府军在寺庙境内展开过激战，使得很多伽蓝被烧毁。另外在大政奉还之后成立的明治政府又没收了其很多的寺院领土，但是从1879年(明治12)开始允许复兴宽永寺，于是从川越的喜多院将本地堂移建过来，又增加了山内本地堂的建筑用料，令寺院的中心主殿得以重建。现在，在占地约9万9千多平方米的土地上除了有主殿的主寺外，还有幸免于火灾的清水观音堂、轮王寺门遗迹御本坊表门、德川将军灵庙敕额门等，都被指定为重要文物。可以说清水观音堂是至今保留下来的为数不多的具有江户时代风貌的正殿。(下段继续)

　江户幕府第十五代将军德川庆喜在大政奉还之后的鸟羽伏见战役中被打败，于是返回到江户。东征军(新政府军)和朝臣上下，对如何处分德川家进行过争议，庆喜在一桥家时代的侧近们为了恳请朝廷饶了庆喜的性命，在1868年(庆应4)2月结成了同盟军，后被称为彰义队，固守在上野山(东叡山宽永寺)。1868年(庆应4)5月15日清晨，大村益次郎指挥着东征军对上野进行了全面总攻。
　彰义队员的遗体被三之轮圆通寺(现东京都荒川区南千住)的住持佛磨等人在当地进行了火葬。现在在上野公园内彰义队的墓地正面立着的小墓石碑，是被宽永寺的附属寺院寒松院和护国院的住持在1869年(明治2)时秘密埋藏在附近的地下，后被发掘出来的。大墓石碑是在1881年(明治14)由原彰义队员小川兴乡(椙太)等人建立的。对于明治政府来说彰义队属于贼军，出于对政府方面的顾及，没有直接写上彰义队的字样，而是将幕府旧臣山冈铁舟执笔写就的《战死之墓》四个大字赫然雕刻在石碑上。1990年(平成2)台东区将其作为有形文化遗产登载在区民文化遗产登记册上。