寒松院是東叡山寬永寺的子寺院之一，由津藩主藤堂高虎創建。高虎崇仰皈依佛門的德川家康，當他從臨終前臥于病榻的家康口中，得知與自己所屬的宗派有異後，改信家康皈依的天海大僧正所屬宗派的天台宗並出家，天海僧正授給了法名寒松院。藤堂家的別墅莊院當時計劃建在，從現上野動物園至上野東照宮之間的位置上，但是修建上野東照宮的計劃是在家康去世後開始的，當高虎意識到民衆們來參拜時的便利因素後，就捐獻了這片宅地，並于1627年(寬永4)修建了寒松院作爲東照宮的別當寺(經營管理寺院)。據說高虎和加藤清正一樣，具有優秀的築城技術和營造技術，有過很多實踐經驗。
　在戊辰戰爭中，寬永寺的很多伽藍被戰火燒毀，寒松院也在其中。後來，于1888年(明治21)在寬永寺後面重建，在1945年(昭和20)的第二次世界大戰中再一次被燒毀，之後在現在的東京國立博物館側面重新修建起來。上野這個地名，據說是因爲高虎的城池叫做伊賀上野，因此而得名。