曾經接受了德川家康·秀忠·家光三代將軍皈依的天海僧正和藤堂高虎，在1616年(元和2)德川家康生命垂危之際被喚到枕邊，接受家康的遺言，被囑托希望死後爲他修建一個能將三個人安置在一起的永久的鎮魂之所。天海僧正拜領的藤堂高虎等人的宅地也就是現在的上野公園所在地，開山東㪫山寬永寺，並在其境內還修建立了很多小寺院和伽藍。1627年(寬永4)修建的其中之一便是東照宮的前身當時稱爲東照社，後來東照社在1646年(正保3)由朝廷正式賜予宮號始爲東照宮。現存的神殿是1651年(慶安4)由第三代將軍德川家康，爲了解決江戶的人民廣衆不方便去參拜1617年(元和3年)在日光修建的東照宮，按照與日光東照宮的豪奢神殿同等規格改建的。上野山曾經做過戰場，舊幕府軍和新政府軍在此交戰，發生在1868年(慶應4)戊辰戰爭之一的上野戰役中，寬永寺以及其他許多的伽藍和小寺院都慘遭燒毀，但是大火並未燒及到上野東照宮。另外在1923年(大正4)發生的關東大震災，以及後來的戰爭災害中東照宮也都幸免未曾遭受過倒塌毀壞，因此修建之初的樣子保留至今。