天海僧正爲了營建能成爲江戶的天台宗據點的大寺院，在多處候補地點中選中了現在上野公園的所在地，並得到將軍秀忠賜予。當時這地方是伊勢津藩主藤堂高虎、弘前藩主津輕信枚、越後村上藩主堀直寄等大名的別墅。京(京都)的東北方位上也就是鬼門上有座比㕡山，上野山也被認爲是江戶城(東京)的鬼門，所以天海僧正把上野山當作東面的比㕡山，根據當時的年號取名東㕡山寬永寺。
　天海僧正把吉野山上的吉野櫻分株移植過來後，上野山成爲了賞櫻名勝。每年花季來臨時，賞花的遊客紛雲而至熱鬧非凡。寬永寺也是一座面向普通百姓的寺院，上野東照宮是衆多敬慕著家康公的江戶百姓們參拜的敞開的神社。
　自創建以來，和現在一樣每隔數十年會進行一次修複施工，只是沒有什麽具體的記載留下來。近年的修複是從2009年(平成21)至2013年(平成25)用5年時間完成，修複後的大殿恢複了創建之初的金碧輝煌。