曾经接受了德川家康·秀忠·家光三代将军皈依的天海僧正和藤堂高虎，在1616年(元和2)德川家康生命垂危之际被唤到枕边，接受家康的遗言，被嘱托希望死后为他修建一个能将三个人安置在一起的永久的镇魂之所。天海僧正拜领的藤堂高虎等人的宅地也就是现在的上野公园所在地，开山东㪫山宽永寺，并在其境内还修建立了很多小寺院和伽蓝。1627年(宽永4)修建的其中之一便是东照宫的前身当时称为东照社，后来东照社在1646年(正保3)由朝廷正式赐予宫号始为东照宫。现存的神殿是1651年(庆安4)由第三代将军德川家康，为了解决江户的人民广众不方便去参拜1617年(元和3年)在日光修建的东照宫，按照与日光东照宫的豪奢神殿同等规格改建的。上野山曾经做过战场，旧幕府军和新政府军在此交战，发生在1868年(庆应4)戊辰战争之一的上野战役中，宽永寺以及其他许多的伽蓝和小寺院都惨遭烧毁，但是大火并未烧及到上野东照宫。另外在1923年(大正4)发生的关东大震灾，以及后来的战争灾害中东照宫也都幸免未曾遭受过倒塌毁坏，因此修建之初的样子保留至今。