国立科学博物馆由动物・植物・地学・人类・理工学的五个研究领域组成，在展示上包括关于各种各样的动植物资料，贯穿着科学技术史和理工学的领域。在台东区也设立了江户幕府的天文台馆，从古时起作为与科学的相关设施和人物往来的场所。在昭和24年(1949)“东京科学博物馆”改为“国立科学博物馆”，文学家中井英夫的父亲，著名的植物学家中井猛之任馆长。
　日本馆，以“我们与日本列岛的自然”为题，展列着关于日本的自然史等外加技术史和理工学等多个领域。展示室共三层，一层南翼包括四个部分，观察自然的技术、了解天—天球仪・天文、了解地—地震表、了解时间—表、了解微观—显微镜，展示着自江户时期以来的资料和器材。