寒松院是东叡山宽永寺的子寺院之一，由津藩主藤堂高虎创建。高虎崇仰皈依佛门的德川家康，当他从临终前卧于病榻的家康口中，得知与自己所属的宗派有异后，改信家康皈依的天海大僧正所属宗派的天台宗并出家，天海僧正授给了法名寒松院。藤堂家的别墅庄院当时计划建在，从现上野动物园至上野东照宫之间的位置上，但是修建上野东照宫的计划是在家康去世后开始的，当高虎意识到民众们来参拜时的便利因素后，就捐献了这片宅地，并于1627年(宽永4)修建了寒松院作为东照宫的别当寺(经营管理寺院)。据说高虎和加藤清正一样，具有优秀的筑城技术和营造技术，有过很多实践经验。
　在戊辰战争中，宽永寺的很多伽蓝被战火烧毁，寒松院也在其中。后来，于1888年(明治21)在宽永寺后面重建，在1945年(昭和20)的第二次世界大战中再一次被烧毁，之后在现在的东京国立博物馆侧面重新修建起来。上野这个地名，据说是因为高虎的城池叫做伊贺上野，因此而得名。