國立科學博物館日本館(舊本館)的平面是個巨大的飛機，建築設計成飛機的形狀，到場者從正面搭乘，去成為一名探訪科學的乘務員。舊館長室的桌子上，留有原來舊本館的藍圖。平成16年(2004) 舊本館因為改裝而閉館，平成19年(2007)4月作為日本館改裝再開，現在仍然保留著創立當時的樣子。

　國立科學博物館最早在明治10年(1877) 作為[教育用博物館] 開設在上野山裏。後來遷移到了湯島，關東大地震時所有設施和標本都被燒毀了。到了昭和5年(1930)，在現在的地方上重新建設了上野新館。昭和24年(1949)改名為“國立科學博物館”，直到現在，這座以新古典主義風格建造的日本館(舊本館)裏，到處都留有昭和5年落成時的裝飾特色。