國立科學博物館由動物•植物•地學•人類•理工學的五個研究領域組成，在展示上包括關于各種各樣的動植物資料，貫穿著科學技術史和理工學的領域。在台東區也設立了江戶幕府的天文台館，從古時起作為與科學的相關設施和人物往來的場所。在昭和24年(1949)“東京科學博物館”改為“國立科學博物館”，文學家中井英夫的父親，著名的植物學家中井猛之任館長。
　日本館，以“我們與日本列島的自然”為題，展列著關于日本的自然史等外加技術史和理工學等多個領域。展示室共三層，一層南翼包括四個部分，觀察自然的技術、了解天—天球儀•天文、了解地—地震表、了解時間—表、了解微觀—顯微鏡，展示著自江戶時期以來的資料和器材。